24 年前
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巴黎医院中，滤过性病原体学者劳伦斯被一种不知名的病毒感染，即使她的前夫，著名的生物学家也无法解释。不久之后，发现该病毒与老鼠有关，与此同时由于清理垃圾工人的罢工，城市一时间老鼠泛滥。劳伦斯异常的恐惧，而当她的女儿被老鼠咬伤后犯病，她的怀疑得到了确定。一场与时间的竞赛开始了。劳伦斯一方面要抓紧时间研究抵抗病菌的药物，一方面要催促政府立即采取行动。亚力克斯的父亲也是受害者之一，亚力克斯所饲养的宠物小白鼠埃尔顿也被咬伤了，但它并没有传染上病毒。成千上万的老鼠涌入城市，劳伦斯发现他们所饲养的两只老鼠已经基因变异，感染了病毒，并跑了出去。而负责这项实验的负责人正是劳伦斯的前夫…。这是一个魔法少女的存在获得了认可的世界。一款名为《魔法少女育成计划》的游戏能够万里挑一制造出真正的魔法少女，而等待着这些幸运女孩们的，将会是万人的仰慕和光明的前途。然而，某一日，运营方忽然宣布要将魔法少女的数量削减一半，而方法，竟然是让现存的魔法少女进行残酷的竞赛。
天真善良的少女白雪（东山奈央 配音）、外冷内热的忍者波纹（沼仓爱美 配音）、背负着巨剑的圣少女（佐仓绫音 配音）、骑着扫帚大大咧咧的最高速（内山夕实 配音）、百发百中的神枪手灾厄玛丽（井上喜久子 配音），在这些被吉祥物法布（间宫胡桃 配音）选中的魔法少女们之间，一场大战即将拉开序幕。。
