24 年前
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故事发生在东京八丈岛近海，一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……
与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！
此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……。生活在奈良县西吉野村的田原孝三（国村隼饰）一家五口，母亲、妻子、姐姐留下的儿子荣介、还有女儿美智，在这远离城镇的林区平静地生活。人们盼望已久的修建铁路的计划终于实施，为了铁路的修建，孝三极力劝阻那些想要离开村庄的人们。但是，修建铁路的工程中断了，已经动工的隧道废弃在那里。
15年后，孝三已经丧失了劳动能力，一家人的生活不得不全部依靠荣介（柴田浩太郎饰）的收入来维持。美智（尾野真千子饰）一直对荣介怀有一种模糊的爱慕，而荣介在暗恋着舅母。有一天，孝三带着自己心爱的8mm摄像机离开了家，从此再也没有回来。这一家人还会留守在这片土地上吗？。
