16 年前
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军方和汽车人的秘密合作计划面临被取消的危险，而重新复活的威震天和红蜘蛛引领霸天虎军队，密谋夺取能量源，企图在地球掀起又一场腥风血雨。
此时主人公山姆告别相恋的女友米凯拉，要开始自己梦寐以求的大学生活了，但一切似乎都不那么顺利，一块小小的魔方碎片似乎在给予山姆某种启示。为了获取魔方里的信息，霸天虎开始了对山姆的追击，擎天柱为了保护山姆而牺牲，山姆受其感召，决定重新担负起自己的使命。
山姆在自己室友里奥和“机器战士”西蒙斯的帮助下来到了埃及，他们在金字塔里发现了能量源。而此时，霸天虎的军队也赶到了埃及。军方此时有一小队人马也在西荤斯的要求下带着擎天柱的尸体来到了埃及，善恶双方力量在那片金色的沙漠展开了殊死搏斗。。故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏……
本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。。上杉达也（三矢雄二 配音）和上杉和也（难波圭一 配音）是一对孪生兄弟，与住在隔壁的浅仓南（日高法子 配音）从小一起长大。三人都进入了明青学园就读。虽为双胞胎，但达也和和也的性格全然相反。和也是学校女生的偶像，棒球队的王牌；而达也则懒散，对什么都满不在乎。学校里，和也和小南是公认的完美的一对。达也也觉得二人的般配，只在心里默默的喜欢着小南。但小南则似乎总是有意无意的接近关心着达也。
和也率领着棒球队打到了进入甲子园的关键一战，在决赛的前晚，和也表达了对小南的爱意，但小南并未回应。第二天早晨，一切亦如往昔，但变化说来就来。在去集合的路上，因救小孩而出车祸的和也抢救无效，长眠在了夺取胜利的路上，也终止了带小南去甲子园的约定。在这个悲伤的夏天，达也决定拾起弟弟未完成的梦想，加入了棒球社。去往甲子园的路漫长而曲折，小南也璀璨如遥远的星，但一步步坚定的前进终将会迎来Touch到他们的一天。。
