12 年前
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2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。
2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中，NERV于SEELE的矛盾激 化，SEELE派出军队进攻NERV，在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海，只有碇真嗣和明日香留了下来。。未来的日本，机器人已经融入了每一个人的生活，每一个家庭都有一个机器人仆人。这些机器人地位低下，但外表已经与人类无异。高中生陆雄一直是这么看的，把自己家的机器人仆人SAMMY当作下人使唤，直到他来到了一家名叫“夏娃的时间”的酒吧。
“在这里，机器人与人类没有区别”这家“夏 娃的时间”门口的牌子这么写道，这里的确也是如此。机器人与人类没有隔阂的交谈着，没有人是低人一等的工具。陆雄在这里感受到了与以往不同的观点，他甚至对一个机器人女孩产生了好感。但是，他也发现了自己家的SAMMY偷偷跑出来，来到这家酒吧。机器人到底是工具还是朋友？陆雄陷入了迷惘的境界。而这一切之外，似乎还有更大的阴谋。。
