5 年前
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进次郎被噩梦所困扰。他梦到了曾经光之巨人奥特曼与怪兽“芝顿”对峙的梦。
而且，他现在遇到了全新的问题，那就是日渐增强的奥特曼之力已经渐渐难以控制了。
就在这段时间发生了假冒机动奥特曼破坏街道的事件。世界上“奥特曼危机”的舆论愈演愈烈，科特队陷入了口诛笔伐之中。
只不过，这些全都是某个外星人的阴谋罢了。其中的幕后黑手居然是艾德！
艾德目的只有一个，终结地球人对于奥特曼的信仰。为此，艾德引导进次郎走向成为光之巨人的道路，然后再打败进次郎。
巨大化的芝顿被艾德召唤并与科特队展开了激烈的战斗。
奥特六兄弟与玛丽装甲集结，并肩作战。
艾德身穿自己的芝顿装甲登场，最后的危机时刻来临。
进次郎也穿上了全新的装甲去迎战对手。。女子高生・初（堀）和哥哥・凌（間宮）以及妹妹・茜和父母住在一起。某日被住在同一间公寓的橘亮辉（清水）抓住了把柄，被亮辉无理的命令来回折腾。在这时，数年前搬走的竹马・小田切梓（板垣）回来了。初被梓一如以往守护着自己的样子自然地吸引，即使被亮辉不断从中阻碍，初还是同梓交往了，但其实梓怀有着不为人知的目的。此时，初也知道了凌的秘密…。
