25 年前
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距圣诞节仅有8天时间，SOS团在凉宫春日的号召下，不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨，阿虚却发现周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希，一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中，阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。
此时的阿虚，握有连接两个绝然不同世界的钥匙，他面临着重大的选择……。高中毕业后，瑞科在女友卡门的鼓励下，不顾父亲的反对，加入了机械化步兵学院；而卡门则选择了海军学院。两人开始接受训练不久后，地球突然遭到来自外星昆虫的袭击。在这场袭击中，瑞科的亲人们不幸遇难。随后，卡门将记录这场灾难的影像资料发送给了瑞科。悲痛与愤怒交织的瑞科带领他的部队投身于抵抗外星昆虫的战斗之中。然而，军队严重低估了这些外星生物的力量。在战场上，瑞科目睹了令人震惊的大屠杀。正是在这个过程中，他意外发现了这些昆虫变得异常聪明和强大的原因。基于这一发现，瑞科意识到只有开发出更为先进的武器，才有可能战胜这些昆虫。于是，一场针对外星威胁的人类反击战拉开了帷幕。。
