10 年前
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富家小子郝笑文（郝邵文 饰）携半路认识的“侍女”丑妹与先后到达的释小宝、小莹进入忍者学校学习，唯利是图的忍者学校对笑文大门敞开，但小宝和小莹就只有靠实力争取入学的机会。四个新同学自此开始了在忍者老师一元（吴孟达 饰）和二次的指导下学习忍术。这帮顽皮儿童在生活和学习的各方面都不忘寻找恶作剧的机会，使学习手里剑、潜水、吃饭都变成了一场场笑闹剧，催泪弹更成了他们哭丧赚取外快的绝密武器，连校长（黄一飞 饰）也败在他们的手里。某日，一名自称绝世忍者的大叔拜访忍者学校，此人十年前在忍者比赛落败后一蹶不振，苦练多年只为寻找当年的劲敌，而他当年的对手，居然是一元老师，四个小家伙受大叔求助，究竟该如何应对？。里德博士的科学梦想即将实现！他将飞往宇宙风暴的中心，揭开人类基因的密码。同行的还有，项目赞助人维克托、宇航员本、博士的前女友苏以及她弟弟强尼。
不料，飞船接近风暴中心时，由于计算错误，导致飞船被宇宙射线所吞没！大难逃生返回地球后，组员们的基因因宇宙射线的影响，发生了变异，他们具有了各个不同的超能力。
里德、苏、强尼和本组成了“神奇四侠”，利用宇宙射线所赋予的超能力去打击黑暗势力、帮助世界。维克托获得超能力后变身成为了“毁灭博士”，正在实施他的邪恶计划。神奇四侠出击了！。
