3 年前
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2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。
2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中，NERV于SEELE的矛盾激 化，SEELE派出军队进攻NERV，在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海，只有碇真嗣和明日香留了下来。。警方人员发现一具被挂在墙上血肉模糊的男性尸体，从他的穿着可知此人属有钱人家；探长在房间内仔细地逐一细看下，终于发现房内摆放着精致的细小纸盒，每一个盒内载着一小撮女人之物，而其中一个放着的是一张列满女人名字的纸条，“玉”是其中一个名字，由于名字是以中国字书写的，因此引起探长的注目，案件亦由此开始逐步揭开，终于发现……。自从一艘外星飞船在莫斯科切尔塔诺夫坠落以来已经过去了3年，普通女孩朱莉娅在接触到外星技术之后，成为国防部秘密实验室的研究对象。在研究过程中，朱莉娅表现出不同寻常的能力。隐藏在其中的力量不仅吸引了人类的注意，而且对宇宙的规模构成了威胁。。
