20 年前
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国中二年级学生栉森秀一（二宫和也 饰）与母亲友子（秋吉久美子 饰）、妹妹遥香（铃木杏 饰）住在一起。秀一的父亲早年间车祸去世，十年前母亲改嫁曾根隆司（山本寛斎 饰），而这段婚姻又因为曾根的暴力倾向而夭折。
某天，曾根返回栉森家。秀一发现，母亲似乎有某种隐忧而不愿将曾根赶 出家门，另一方面，曾根好像又对遥香心怀不轨。对继父心存愤恨的秀一无计可施，于是通过网络购买碳酸钾，决定将曾根杀于无形。他的计划顺利实施，但他本人也越陷越深……
本片根据貴志祐介同名小说改编。。这日柯南、小兰一行人来到米花町市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说作家工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。然而游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。 50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中对案件展开调查。。七柚和另外五个人关在了精神病院，设法逃脱未果，最终屈服，找到医生揭开真相。原来七柚患有人格分裂的精神疾病，那五个人是七柚幻想出来的人格，分别代表了暴力、理智、冷静、温柔、闺蜜。看着七柚饱受折磨，五个人格也被戳中内心决定帮助其远离黑暗，在七柚康复那一刻，六个人的世界，从此只剩下了一个人......。