14 年前
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柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”度假。这座岛屿自古流传着关于沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。
柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着很大的关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger”后，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开谜题。。2013年1月発売予定のコミック版『氷菓』3巻限定版では、テレビ版の第11話と第12話の間に相当する完全オリジナルエピソードである第11.5話を収録したBlu-ray Discが付録する予定。第11.5話は2012年7月8日0時よりUSTREAMで先行配信された。。26岁的青年安德鲁（扎克·布拉夫 Zach Braff 饰）独自在洛杉矶打拼9年，他志愿成为一名演员，不过时至今日仍默默无名，平常依靠在餐馆打工维持营生。一通电话，将安德鲁带回阔别已久的新泽西老家。多年来，他因某些原因与家人绝少联系，常年服用抗抑郁药物又使得他对周遭的一切都漠不关心，即便如今日，瘫痪多年的母亲意外去世。在故乡，他重新见到身为精神科医生的父亲以及当年的狐朋狗友，一切似乎没变，一切有发生了很大改变。
在父亲的建议下，安德鲁前往医院诊疗困扰自己多时头痛，却在此结识了美丽但有些神经质的女孩萨曼（娜塔莉·波曼 饰），有如死水的绝望生活由此发生了转变……。
