11 年前
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2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫配音）召集巴特（松田健一郎配音）、陀古萨（新垣樽助配音）等得力属下，并制定了周密的营救计划。谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。。阿洪是澳门一酒店待者，某日在酒店内一水警高官及一名流太太被谋杀，阿洪目击凶手面目，更将他擒获，惜洪的老阿才，竟误将凶手放走，更被他愚弄一番。接着暗集团中人假扮警方，邀洪去助查，途中欲加杀害，幸洪吉人天相，事后洪与才认定警方与暗集团勾结，故此洪乃努力逃避警方王沙展的追寻，令王沙展益增疑窦。
洪偷渡到香港藏身，偷渡时认识青年阿全，而杀手阿甲，亦巳赴港追杀洪，澳门集团的波士佳，又勾结香港另一大头目大哥炳，要炳将洪及甲一并灭口，大哥炳却正是才仔介绍洪去托庇的“大人物”，于是洪在港又常遇暗算，和一位在港邂逅的女子阿芳四处逃命，洪因此怀疑才出卖他，故此才逃到港通知他时，几经误会才能解释清楚，又发觉芳原来巳被甲收买，因此甲才知洪行踪。
洪以甲为唯一敌人，时刻留意逃避，不料一天在住处附近却却发觉甲被杀，临死时，甲叫洪留意眼睛，才找到地盆工人阿全介绍工作，但才偶然发觉全有一眼是假眼，一试之下，全果然追杀洪，洪被追至无路可逃，幸借电视台街头访问过关逃去。。
