17 年前
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博文（武田真治饰）认识了公司的同事美荣子（菅野美穗饰）。美荣子是个聋哑人，平日需要用手语跟他人沟通，生性乐观但缺乏自信。博文很快被这个美丽的女孩子吸引住，完全不会以为她的残疾而歧视她，相反在工作上频频帮助美荣子。为了能进一步了解美荣子，跟美荣子更好的沟通，善良体贴的博文决定学会手语。两人开始用手语交流，继而相知相恋。 很快他们结婚了，并育有一名女儿千鹤，婚后的生活更多的是博文照顾美荣子，虽然美荣子觉得相当抱歉，但博文却十分乐在其中。女儿的降临给这个特殊的家庭增添了活力，同时也增加了不少烦恼，都需要一家人共同进退……。1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰...。
