16 年前
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由於身懷特殊能力，一個名叫宮的女孩被僱傭兵追殺。在逃跑的路上，她碰巧遇到出生在忍者世家中的石動律花。這些忍者一直隱居在僻靜之地，石動律花和她的祖父兵衛，也就是忍者家族的首領，決定為宮提供庇護，但親眼看見父親被僱傭兵殺害的宮卻一心想要報仇…。。因为偷税事件，曾经处于精英组的百合根友久（冈田将生 饰）被踢到早先成立的科学搜查班（ST）担任指挥官，通过之前的合作，虽然百合根始终未能完全接受青山翔（志田未来 饰）、结城翠（芦名星 饰）、黑崎勇治（漥田正孝 饰）、山吹才藏（三宅弘城 饰）以及ST实际领导者赤城左门（藤原龙也 饰）这群怪人的行径，却也为他们自身那极度专业和见斥于周遭的气息所感染。百合根一面盼望早日回到搜查一课，一面又打算多守护ST的各位一段时间。随着作为后盾的三枝警官（渡部笃郎 饰）的离开和ST新任监查松户紫织（濑户朝香 饰）的到来，ST面临生死存亡的危机。赤门渐渐走出家门，百合根则成为遏止这头怪物不可或缺的重要存在……
本片根据今野敏的原作改编。。小男孩叫波波,狗叫阿木狗. 有一次小男孩在买饮料的时候中奖了，所以就的到了一个礼物，那就是阿木狗。。
