13 年前
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1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰...。故事背景被安排在一个景色优美的由昆虫（蚂蚁）组成的世界。片中的主角是一个聪明好学、敢于创新的少年，由于酷爱《三十六计》，被朋友们称为“诸葛小亮”。但在一次科学实验中，他和他的朋友突然变成了非常非常小的人，甚至和蚂蚁一样大，世界突然变得和从前不一样了。于是，机智的“诸葛小亮”开始了前所未有的历险。
既然是历险，就会有很多意想不到的事情发生，《三十六计》成为了我们小主角最有力的武器。。
