14 年前
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工厂倒闭，失业的五十岚（寺岛进饰）心情低落地走在路上，见到了形形色色的人们：企业倒闭集会示威自残的工人、打算捐器官做善意但却遭砍身亡的黑帮老大、妻子外遇自己身处狱中的可怜男子、孩子身陷火场的单身漂亮母亲（筱原凉子饰）、中了六合彩但心脏病发身亡的老人、失业自杀的中年男子、腰缠万贯但身患绝症的男人。而五十岚也经历了大喜大落，面对的人一变再变，每个人都和他倾诉遭遇，而他一言不发地倾听着。
后来他碰上一件怪事，第二天回到家中，妻子（西田尚美饰）正在等着他回来。。所谓宝可梦，是指生活在这个星球上。
许许多多的非常不可思议的生物。
它们的身影在天空、大海、森林、街道中随处可见。
拥有不可思议吊坠的来自帕底亚的少女，莉可。
拥有迷之精灵球的来自关都的少年，罗伊。
莉可和罗伊在广阔的宝可梦世界中开始了全新冒险！
等待着他们的命运，究竟会如何呢——？！
这是一个通过冒险来“发现”重要事物的故事。
初到石英学院的少女莉可，在这里得到了她的第一只宝可梦新叶喵。在她与新叶喵逐渐熟悉的过程中，一个神秘的组织——探索者队，为了得到莉可的神秘吊坠前来追捕她。
还好莉可并不是独自一人，弗雷德、船长皮卡丘以及其他上升伏特攻击队的成员们，在他们的英勇浅葱号上向莉可提供了庇护。
而梦想成为宝可梦训练家的少年罗伊，携带着隐藏着秘密的精灵球。
当莉可、罗伊以及上升伏特攻击队向着新的地平线启航，等待他们的将会是什么？。矿石病——那是会让人体逐渐结晶化直至死亡的不治之症。 罗德岛制药公司为研制出治疗矿石病的特效药物，并为解决天灾与矿石病带来的各种问题与争端、改善感染者的处境而不断采取着行动。 为阻止感染者组织整合运动的暴行，罗德岛与炎国城市龙门签订协议，为实现各自的目标而共同行动着。在经历了与米莎和碎骨的战斗之后，阿米娅无法接受现实，独自消沉着。而在另一边，罗德岛向分城废墟派遣的侦察小队，注意到了废城中出现的特异现象……。
