2 年前
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故事将承接第2季末，洛根·罗伊被他叛逆的儿子肯德尔伏击，为了确保家族、政治和金融联盟的安全，一场激烈的企业斗争有可能演变成一场家庭内战……。反映80年代的台湾农村生活，城市来的专科学校毕业的女技术员凌云峰指导农民改种花卉，老一辈村民反对，而农校毕业的青年周永健在推广花卉种植技术的过程中给予大力支持，成为其助手，继而两人相爱。花卉种植成功，农民收入增加，村舍面貌改观。年轻一代在共同战胜困难中产生了爱情。
但当女技术员获悉永健与村长之女千惠是青梅竹马以后，为了成全他们，她自己则回到了城市。。游城十代在前往决斗学院实技测验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时，一个名为七星的神秘团体出现了，它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。
游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一，十代打败大德寺老师，彻底挫败了七星的阴谋，并得到贤者之石的卡片。
三幻魔事件结束后，原来的伙伴们相继离开决斗学院，一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响，无法进行卡牌决斗。之后，游城十代遇到了来自新空间的使者，找回了对决斗的热忱与兴致。
不久后，前往童实野町毕业旅行的十代一行人，被强迫接受斋王美寿知的考验，并得知了“光之波动”的真相。回到决斗学院后，鲛岛校长宣布新世代大赛开幕。这场原本只是让学生和职业决斗者交流，进而提升决斗能力的活动，却意外成了关系到地球存亡的事件。在最后的对决中，十代向斋王挑战，成功打败被“破灭之光”操控的斋王，拯救了世界。。
