19 年前
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第一季的最后一集，当迈克（文特沃斯•米勒 Wentworth Miller 饰）和林肯（多米尼克•珀塞尔 Dominic Purcell 饰）他们跑到黑帮老大阿布鲁奇派来的飞机所停泊的地方时，飞行员因为安全问题而没等到他们就离开了。逃脱的囚犯们只能望天长叹，于是，他们各自展开了逃亡生涯。
FBI追捕逃犯的资深探员马宏在副总统的授权下成为捉捕小组的主管，他决定逐个击破。另一方面，莎拉的父亲因为林肯这起案件而遭灭口，她开始相信麦克了，并从父亲的遗物那里获得蛛丝马迹；副总统的手下Kellerman 前往捉捕林肯的儿子LJ准备拿他当人质时，将LJ一家都杀死了，而却被LJ意外逃脱；一直帮助林肯的律师掌握到了越来越多的线索……一切阴谋似乎都在慢慢揭开。。三剑客成功拯救完水果世界后，由于在花果山大合唱庆祝胜利造成第七层的崩塌，直接伤害到七色彩莲。为求保住彩莲，东方求败被外人蛊惑利用，接受了人类世界的忍术和其他技术去抢救彩莲，但同时也成为了拐带水果们的帮凶。方丈与果姥上山探望东方求败，无意间看出当中端倪，东方求败有灭口之意。三剑客赶到之时，方丈与果姥为保存实力，不单一个装疯扮傻，一个诈死，还出狠招将三剑客打落悬崖，并且疯言疯语，让众人误会三剑客，促使三剑客再无立足之地，必须远走他乡，从而避开东方求败的迫害。 三剑客在小果叮的帮助下捡回一命，重拾斗志誓要查出真相。在小果叮的指示下，各人各尽所长，千方百计寻找莲珠。历经重重苦难，并的机甲在莲珠的洗礼下得到重生，三人不断提升自我，获得新的技能和必杀技，对方也得到力量加强和武器升级，尤其是加上神鬼莫测的忍术，三人多次陷入苦战。三剑客屡败屡战，在失败中成长，反败为...。
