15 年前
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自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。。陈薇（尹馨饰）带着女儿（林采洁饰）为躲避家暴的丈夫住进有自杀胜地之称的蝴蝶大厦后怪事频传。管理员梁伯（冯淬帆饰）和顶楼的庙公山叔（蔡振南饰）不断提醒她这一层楼不太干净，如果有能力还是尽快搬走，但是经济拮据的她暂时只能栖身于此。各种三教九流的邻居、杂货铺有阴阳眼的自闭症男孩阿弟（白润音饰），还有那间被再三交代禁止靠近的613号房，一切都令陈薇感到诡异莫名。外表阳光的代班管理员小梁（曹佑宁饰）对独立坚强的陈薇照顾有加，经常借故上门帮忙维修家电，陈薇女儿看到他来也会难得露出微笑。正值鬼门开时，蝴蝶大厦内意外频传，甚至发生许多灵异事件，但老住户们似乎已经习以为常。陈薇原本是想带女儿逃离丈夫，不料却将自己卷入更大危机之中...。来自异次元的种族MU占领了东京，并将城市隐藏在巨大的防护壁之后，他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。
在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。。
