7 年前
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明青学园高中部迎来新的学年，上杉达也（三ツ矢雄二配音）和浅仓南（日高のり子配音）顺利升入高三。在这新的征程伊始，棒球部的各位却迎来不大不小的风波。西尾教练突然病倒，之前的女经理推部。小南自然不会放任不管，她强烈要求校长让她重新担任棒球部的经理。与此同时，西尾教练也拜托早年毕业于明青学园柏叶英二郎担任代理教练。英二郎严肃冷峻，言语尖刻，被队员们称作魔鬼教练。伴随每一天艰苦严苛的训练，大赛的日子终于临近。通往甲子园的路上，达也和新田明男（井上和彦饰）宿命的决战即将到来…… 本片根据漫画家安达充的同名原作改编，是该系列动画的第三部剧场版。。2015年12月30日，宇宙探索船Luxion船长，高屋法子的父亲在宇宙中过世。少女高屋法子立志成为像爸爸一样的宇宙驾驶员，并为之奋斗。
6年后，高屋法子成为了中学生。学校开设了机器人驾驶的课程。三年级的天野和美学姐驾驶技术高超、受人爱戴，被低年级学生称为“姐姐”。新来的教练太田先生来到学校，要挑选2名学生成为宇宙驾驶员。“姐姐”毫无悬念的入选，但缺少机器人驾驶经验的高屋法子竟然也入选了宇宙驾驶员！
伴随着兴奋与疑惑，高屋法子开始了宇宙驾驶员的生活，但是令她始料未及的是，她的任务是驾驶机器人，与害死父亲的外星生物战斗。关系人类存亡的战斗责任，突然降临在少女高屋法子的身上，她的未来将如何谱写？。