22 年前
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二战期间的英国，汤姆·杰里科是一名出色的密码破译专家，他在布兰彻利公园密码破译中心工作，帮助盟军破解代号为“谜”的密码。在这里，他与一位女雇员，克莱尔·罗米利发生了一段短暂而炽烈的感情。尽管她身上似乎隐藏着不少秘密，汤姆还是为她着迷。
不久后，克莱尔·罗米利就厌烦了，并提出分手另结新欢，汤姆顿时一蹶不振，工作和爱情双双不顺。不久后，他发现自己不仅被疑心为杀害他人的凶手，甚至还有可能被当作叛徒。
汤姆开始集中精力破译德军的新密码，他的助手正是死者克莱尔的室友，海斯特·沃利斯。与风情万种的克莱尔相反，海斯特是个单纯拘谨的女孩。时间十分紧迫，他们不但要抢在德军发动袭击前解开密码，还要揭开笼罩在克莱尔身上的重重迷雾。与此同时，一名政府的高级间谍，温格雷也在暗中关注他们的行动。他心里很清楚他们正在慢慢靠近一个惊人的秘密。果然，汤姆和海斯特逐渐发现在这桩事件背后存在一起重大的阴谋，直接牵涉到英国政府的高层。在此过程中，他们也开始相互吸引……。炼金术，一种建立在等价交换原则基础上的科学，将物质进行理解、分解、再构造，将一种物品变成另外一种。但是，这样先进的技术却不能进行人体炼成，这是炼金术绝对的禁忌。可是，拥有极高炼金术天赋的爱德华（朴璐美配音）和阿尔冯斯（钉宫理恵配音）兄弟，因为对母亲极大的思念不惜触犯禁忌。而最终的代价却是，爱德华失去了一条手臂和一条腿，弟弟阿尔冯斯只能将灵魂依附在一副巨大的装甲之内。终于明白一切的兄弟俩，为了恢复原状，寻求更多的炼金术知识，成为国家炼金术师踏上了寻找终极炼金物品——贤者之石的旅程。在不断的探索中，两兄弟终于发现了贤者之石背后的真相，对身处的这个军事化国家也有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家庭……炼金术的未来究竟在何处。。
