3 年前
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被追杀的小男主为保护小女主身亡，悲痛之下小女主觉醒了魔祖血脉，成为了最强大的异能者，但因为冲击过大失去记忆；多年后，长大成人的女主为保护养父母一家，沉睡的超能力再次爆发，却不知此时来追杀她的竟然是死而复生被洗脑后的男主，两人相爱相杀……。神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。
在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。
出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。。
