10 年前
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离家出走的爱新觉罗·天恩回到杭州，因为一块手绢与叶星辰一见钟情。天恩的哥哥天熙害死了叶星辰的父亲，叶星辰与王府有不共戴天之仇。天恩骗星辰他是罗觅欧，后来被天熙戳穿，星辰在悲伤之下用刀伤了他。后来在天恩的感化下，星辰终于接受了他。天恩愿把爵位让给天熙，要求王爷答应他和星辰的婚事。王爷同意了他。星辰到王府偷令牌，被天熙发现，差点被他侮辱。后来天恩救了她，可是她和哥哥被关起来。天熙接受爵位当天，天恩带领起义军包围了亲王府，天熙用枪顶住王爷要挟天恩，王爷感慨一生，用枪自杀。。小智、皮卡丘、长尾怪手终于到达神奥地方。小智在打电话给大木博士的途中遇到了火箭队的突袭而同皮卡丘失散，便与长尾怪手立刻出发寻找皮卡丘的身影；另一方面，新人训练家小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练家，小光亦想成为顶尖协调训练家，于是由双叶镇出发展开路程。在其后，小智的同伴小刚归队，二人邂逅了小光。自此，三人一同结伴旅行。
几经辛苦，小光终于集齐5枚缎带徽章，她在神奥华丽大型庆典表示出色，首次参加便晋级至决赛，但在决赛以稍微差距败于好友小望；小智亦集齐8枚徽章，他在神奥联盟有好开始，在第1回战打败尚志，第2回战打败某女路人，第3回战(16强)打败考平，8强更打败真司，可是他无法势如破竹而在准决赛惨败于达克多，4强出局。
神奥之旅随着神奥联盟结束而来到尾声，小智及小刚曾邀请小光一同前往关都地方，但小光因卷卷耳被邀请而不能前来，当天日落，小智在码头上和小光以最后一次击掌道别，与皮卡丘及小刚乘船返回关都地方。翌日日出后，小智和小刚回到关都地方，在往真新镇及尼比市的分叉路口，小智和小刚握手及互相祝福对方后正式告别。小智和皮卡丘终于看见真新镇，他们跑进返回真新镇前的最后一段路，神奥之旅正式划上句号。。由于第二代罗宾(Jason)的死，使的布鲁斯伟恩从英雄工作中退休，蝙蝠侠自高谭市消失十余年。 然而一连串的治安恶化：变种人(the Mutant)青少年武装团体出现、双面人(Tow face)哈维丹特(Harvey Dent)和小丑(Joker)的逃狱，使的他压抑不住内心想要再度化身为蝙蝠侠的渴望而以五十多岁的高龄重出江湖，与新任的罗宾──13岁少女卡莉(Carrie Kelley)，和老搭档高登(James Gorden)面对种种坏人的诡计及市民的质疑与不信任。 而同时，美国也正遭受苏联的核武威胁，超人克拉克肯特属于与蝙蝠侠对立的、听从官方命令的一员，也因此蝙蝠侠必须面对同是超级英雄的伙伴的敌对状况，以衰老而坚定的心智面对这个几乎永远不败的上帝之子。
在故事的结尾，变种人青少年集团因为首领被打败而转向支持蝙蝠侠，双面人哈维丹特也被打败，小丑则在游乐场中被蝙蝠侠重伤脊椎而亡。 因为立场的对立，超人不得不与蝙蝠侠展开大战，而故事则是以蝙蝠侠服用可使人进入假死状态的药物掩人耳目，伟恩的住宅、蝙蝠洞里所有与蝙蝠侠有关的资料都让阿福(Alfred)烧毁，而唯独银行中的存款被布鲁斯提领一空，他教育前变种人集团的青少年们组成了义务警备队继续维护高谭市的和平。而阿福则在烧毁伟恩住宅后中风去世。。
