11 年前
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強納森是一名棄嬰，剛出生就被放置在孤兒院前，幸好一名船長認養了他，並供給他唸寄宿學校。只是聰明但又調皮的強納森連續被五個學校退學，養父最後幫他找到一所「聖湯瑪士合唱寄宿學校」。 強納森在機場見一隻狗被主人遺棄，便將牠帶往學校，但因學校禁止養狗，在室友的建議下將小狗養在他們的秘密基地──一座以拖車蓋成的屋子。沒想到此時來了一名自稱是巴布的人，謂此處是他的產業。眾人無奈離去，但巴布似乎認得學校教音樂的波克老師，遂答應照顧小狗，而且也歡迎眾人到「秘密基地」玩。 由於寄宿學生與當地的學生常發生摩擦，在舉行聖誕音樂合唱之前，保管樂譜的塞巴修被當地學生關到一間地下室並放火燒了樂譜。馬丁、尤里、馬斯及強納森立刻呼朋引伴前去救人，雙方約定挑一人單打，結果馬斯勝了，但對方仍不放人，雙方展開一場雪球大戰。強納森利用雙方混戰之際救出了塞巴斯，眾人急急趕到教堂時，正好趕上了...。在午夜神秘的钢琴声中凹凸学园的新学期开学了。教师团队对校园中发生的神秘事件含糊其辞，而一个个谜题却总出现在同学们的身边。洒满阳光的美术教室弥漫着浓雾、破旧的老教学楼散发着诱人的香气……幕后主使竟拥有关闭校园的权利！同学们，凹凸学园解谜大事件欢迎加入！。
