20 年前
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都内で、遺体に「X」の痕跡を遺す殺人事件が発生する。事件を担当するはずだった刑事・安堂源次（安田顕）は捜査から外された。かつて自身の妻が被害者となった連続殺人と同じ犯人の可能性が高いからだ。そこで捜査本部には内密に、天才科学者と云われる神保仁（田中圭）に捜査の協力を要請する。事件の解決に全く興味を示さない神保。何よりその奇想天外な行動と言動に源次は振り回される。しかし徐々に息の合い始める二人。そして二人の孤独なDNA捜査は、捜査本部も気づかなかった「ある痕跡」を見出す。そんな中、「殺人鬼X」による更なる殺人が起きてしまう…。。国际航空公司的副驾驶员新海元（木村拓哉 饰）一直梦想成为机长。在一次从火奴鲁鲁飞回日本的飞行上，机长水岛突然感到身体不适导致无法继续驾驶。这种突发的危机时刻，因为新海的冷静判断，致使飞机安全降落。因为过失，新海遭到了检察官香田一树（堤真一 饰）的严厉责备和女机械师绪川步实（柴崎幸 饰）的不满。新海感到十分受挫情绪低落。
水岛机长因为身体原因，决定完成最后一次飞行就退休。香田不放心水岛的身体和新人新海，决定陪同他们一起飞行。在飞行过程中，香田见证了新海的专业能力和判断力，对新海有了不用以往的认识。但行事严厉的香田依然秉持赏罚分明的态度，对违反了规定的新海给予停飞一星期的处分，这遭到了新海的不满。一出出航空公司的故事在这里起飞降落。。《凹凸学园第二季》是动画《凹凸世界》的番外衍生剧第二季，故事主要讲述了凹凸大赛的参赛者们作为中学生上学期间的日常故事。在这一季中大家举办了学园祭、经历了转学风波、同时也有教员们和家长们的苦恼。。
