17 年前
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威廉利用苍蝇控制了数据存储商人，从他手里买下全部数据库。他发现了隐居深山多年的接待员梅芙的踪迹，梅芙急忙去通知凯勒，并救下了他的女儿，凯勒跟随她踏上了抗争之路。两人进入新园区“黄金世代”的实验室，发现这里关着很多人类，因被苍蝇感染而失去了对身体的控制。凯勒救女心切掉入陷阱，见到了霍尔，得知其意图利用园区人类作为宿主，进一步感染全世界。威廉将接待员接触离群者后出现自杀的行为报告给霍尔，霍尔希望他尽快赶在叛军之前找到最后一名离群者。克莉丝汀是奥林匹亚游戏公司的剧情写手，相亲对象泰迪告诉她，其实她是这个世界的主宰，所有人的人生故事都是她撰写的。伯纳德带着凯勒的女儿法兰琪寻找武器，这个武器就是梅芙。霍尔想从凯勒口中套出离群者出现的原因，但凯勒说离群者只是不想生活在她控制的世界里。在战斗中，伯纳德和梅芙被威廉打死。关键时刻，霍尔用伯纳德留下的枪阻止了要关闭水坝数据库的威廉，她将克莉丝汀放入升华之境，却将自己的意识球毁掉了，她相信只有善良的德洛丽丝才能决定这个世界的命运。。新学期开始，美墨渚和雪城穗乃香成为菲诺奈学院女子中学部三年级学生，过着普通女孩的校园生活。 而梅普鲁、米普鲁和保伦在上次战斗后陷入了漫长的沉睡。 此时，在光之园，在激战后受了伤的女王分裂成数个部分，消失在远处。与此同时，渚和穗乃香遭到了萨凯那的袭击。 突然，梅普鲁和米普鲁苏醒过来，两人使用新的变身器再一次变身成为“光之美少女”，不仅衣服改变了，而且力量居然也提升了！？ 为了让失去了记忆和原本姿态的女王恢复原样，渚和穗乃香以及苏醒后力量得到提升的梅普鲁、米普鲁和保伦，将与不可思议的少女・九条光一起展开新的故事。 光之美少女们能够让女王恢复原来的样子吗？。
