13 年前
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凯丽·拉塞尔和乔什·汉弥尔顿饰演的一对夫妇带着可爱的孩子在郊区过着悠闲的生活。可是一个夜晚，一个可怕的外星人进入他们的家，他们的生活开始沦为一场噩梦。家里莫名出现了很多东西，可是连警察也不能查出任何门道来。之后，儿子身上出现奇怪的标记，丈夫的状况也变得十分怪异，夫妇才明白必须立刻采取行动抵抗威胁拯救家庭。惊慌的丈夫举起了枪，魂飞魄散之后恢复镇定的妻子抄起了匕首……。将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再像以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！
这时，纽约市中发生一连串的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！
神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！。