10 年前
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神医在世。故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。
卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。
面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……。日，袁世凯的头疼病突然发作，洋医生们一筹莫展，著名的德国医学博士罗慈也束手无策。此时，有人请来了民间工程师黄石屏，只见他取出一根金针，运气之后，略显身手，袁世凯的头就不疼了。黄石屏是著名的气功针灸、气功武术大师，尤以"飞针"最为惊人。他不贪图荣华宝贵，深入民间，用气功针灸的绝技为百姓解除病痛。但黄石屏对西医颇存偏见，认定洋人没有好人。罗兹博士是一位正直善良有学者，但对中国缺乏了解，认为气功是骗人的魔术，欲与黄石屏进行较量。结果，不打不相识，他们在较量中增进了了解，逐渐建立起真挚的友谊。积极奉行侵略政策的德国医院院长蒙格尔视黄石屏为眼中钉，企图用金钱和武力征服黄石屏，但在黄的凛然正气和高超医术面前均告失败。罗兹对蒙格尔的劣行极为不满，与他产生了分歧。一天夜晚，黄石屏在河边救了一女子，不料这女子正是他失散多年的师妹秋芸。秋芸是黄石屏师父的女儿，师父临终前...。
