14 年前
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崔恩雪（金所炫 饰）的父母成为了一场性质恶劣的谋杀案的受害者，尽管崔恩雪幸运的从凶手的屠刀之下逃脱，却被车撞伤，失去了记忆。崔武恪（朴有天 饰）是一介小小巡警，命运和巧合将两人紧紧地联系到了一起。
吴初琳（申世京 饰）从昏迷中醒来，震惊地发现自己获得了能够看见“不义之事”的气味的特殊能力，这让吴初琳感到十分不安。一场意外中，吴初琳撞倒了正在执行任务的崔武恪，紧接着，眼疾手快的崔武恪将吴初琳从死亡的边缘拯救了回来，凭借着自己的特异功能，吴初琳和崔武恪合作，成功的将崔武恪想要追捕的劫匪捉拿归案，而她和崔武恪之间的命运之轮亦就此开始旋转。她的过去，他的过去，两段看似毫不相干的记忆之间存在着千丝万缕的关联。。春秋战国著名侠士聂政，看到韩国君无道，民不聊生，在好友严仲子帮助下，刺杀韩王，却使奸臣韩傀逃命，为了不连累他人，聂政自杀身亡。严仲子冒死盗出聂政尸体厚葬，并将聂政留下一把缩骨剑及一本记载着神秘诱导基因的著作埋进蝴蝶迷谷。 时间移到1995年夏，武夷山生物夏令营少年科学家胭脂玉、调皮鼠在教师东方子英带领下采集生物标本时，意外发现灭绝三千年珍贵蝴蝶——金粉红蝴蝶，此蝶由神龟变化而来。胭脂玉在金粉红蝴蝶和神龟的诱导下，发现了二千年前聂政留下的书剑。同时在东方子英老师的启发和诱导下，他和伙伴顺风耳等发现了“思维黑箱”之迷，这对思维科学研究来说是一场大突破，惊动了联合国科教文组织一批科学家来华考察，引起一场悬殊大答辩。 在未来时空里，有一座孤岛——达拉门森岛，当年韩傀已成岛上独裁总督。为了把世上所有财富全部占为已有，他亲自研究泥土如何变为宝石实验，但都告失败了...。二战期间的中途岛战役中，由于日本的袭击，盟军对于作战前线的补给越来越少，但这并未能阻止美军在太平洋战场上的取胜，同时美国正努力弥补珍珠港事件的巨大损伤，并在以后的故事中逐渐击败了法西斯日本。。
