13 年前
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一颗流星撞击月球并改变了月球的轴线及运行轨迹，地球的引力将月球拉入其行星的轨道。现在，充满了争斗和麻烦的地球上，各国政府互相倾轧。但是面对人类和地球历史上最致命的危机的时候。伟大的科学家们摒弃了争执，齐心协力必须找出阻止月球撞击地球的方法，否则就太晚了。一位名誉扫地的前美国国家航空航天局宇航员，提前获知了月球即将撞击地球的科学证据和关键的科学数据。这些珍贵的科学研究资料将是科学家们挽救地球的关键所在。。传说在芭罗慈遗迹中封印着太古时代的地狱。
然而对文物古迹有着强烈好奇心的黑崎硬是解开了该封印！随后，能将世界化为地狱的阎魔兽赛高古复活了！
赛高古实力超群，在它强力的攻击下，艾克斯奥特曼的光芒消失了。地球会就此迎来末日吗？
为了阻止赛高古，吉奥的队员们和考古学家玉城司教授抱着必死的决心前去寻回能封印赛高古的神秘之力。
在千钧一发之际，玉城司的儿子悠斗那想要保护母亲的强烈愿望引发了奇迹。
初代奥特曼、迪迦奥特曼就此登场！
随后，吉奥与奥特英雄们合力对付以赛高古为首的怪兽军团，激战就此展开。。为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道具来使用。 由”86“所组成的部队“先锋战队”的队长少年・辛艾，在只能等待着死亡的令人绝望的战场上为了某个目的而战斗着。在那里，共和国军队的精英・蕾娜就任了新任指挥管制官。她小时候有着被86所救助过的经历，因此想把被作为“人形猪”而遭到轻视的他们作为正常人类来对待。 只不过是为了战斗而被作为道具使用的少年以及被寄予了未来期望的精英才女，本不应当有所交集的两人，在激烈的战斗中看到了未来——。
