20 年前
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故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。
动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。。在普林斯顿大学附属医院内，坐镇一位大名鼎鼎的内科医师——格雷戈·豪斯（休·劳瑞 Hugh Laurie 饰），他穿着邋遢随便，手拄拐杖，刚愎自用，锋芒毕露，全然没有人们印象中那类谦和严谨的专业医师的影子。可是在这副令人咋舌的外表之下，却藏着令同行和病患佩服得五体投地的高超医术和丰富学识。豪斯医生治病的手法也独树一帜，他不当面问诊，也绝对不相信病患的道白感受，而完全凭借自己卓越的学识和高超的推理能力解决了诸多疑难杂症。
在神经科医师泰勒·埃瑞克·弗曼（奥尔马·伊普斯 Omar Epps 饰）、免疫学专家阿丽森·卡梅隆（珍妮弗·莫里森 Jennifer Morrison 饰）、心脏与急诊科医师罗伯特·蔡斯（杰西·斯宾塞 Jesse Spencer 饰）的协助下，豪斯团队绽放出耀眼夺目的光芒，也创造了一个又一个医学奇迹……。乔纳森（汤姆·希德勒斯顿 Tom Hiddleston 饰）曾是一名在伊拉克前线拼杀的士兵，退伍后，他来到了一间富丽堂皇的酒店之中，在此担任夜班经理的职务。某日，乔纳森在酒店里偶遇了名为索菲（奥雷·阿蒂卡 Aure Atika 饰）的美丽女子，对其一见钟情，然而，索菲是某军火走私贩的情妇，她将一份涉及到英国军火黑市大佬理查德（休·劳瑞 Hugh Laurie 饰）的机密文件偷偷交给乔纳森，随后便死于非命。
之后，乔纳森来到了位于瑞士采尔马特的酒店中工作，在那里，他结识了英国情报官安吉拉（奥莉薇娅·柯尔曼 Olivia Colman 饰），安吉拉向乔纳森抛出了橄榄枝，希望他能够协助自己调查黑市内的军火交易和秘密情报。。
