13 年前
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在风景秀丽，气候宜人的王冠市，即将举行神奇宝贝足篮世界杯比赛，届时，大批的观众和训练师会涌入此处，整个城市将会陷入一片欢乐的海洋之中。小智（松本梨香 配音）一行人正在前往王冠市的路上，旅途中，他们遇见了名为索罗亚的神秘神奇宝贝，它不仅能够幻化成人类的姿态，还能够通过心电感应和人类交流。
小智和索罗亚结伴前行，哪知道王冠市竟然发生了神奇宝贝暴动事件，雷公、炎帝和水君本是城市的守护神，却不知为何向市民们发起了进攻，城市之中一片混乱景象。这一切的始作俑者是名为克林克斯（阵内孝则 配音）的企业家，而他亦是索罗亚想要寻找的同伴。。载人火星探险任务即将结束，探险队剩最后一天就要返回。但其中一人却心有不甘，决定留下来，寻找能证明火星生命存在的证物。重大发现出现在眼前，但悲剧也随之发生了，地表塌陷，他掉入了不明深渊。科学家们留下来，拯救他们的同事。然而，又有人消失了，难道他们发现的火星生命真的存在？。
