22 年前
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延续前一集的剧情，狮子亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿迈尔曼、河马格洛里亚以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境，与同类们建立良好的关系，大家都是施展各种招式，笑料百出。。芬克（瑞斯·丹尼尔·汤普森 Reece Daniel Thompson 饰）想加入校报成就自己的记者梦，但是同学都在拿他高二时的糗事开涮，还好校报编辑克拉拉给了他一个证明自己的机会——写一篇关于学生会主席保罗的专稿。为此，芬克忍受着同学的嘲讽与校长（布鲁斯·威利斯 Br uce Willis 饰）的点名，投入调查之中。期间，保罗的女友弗朗切斯卡（米查·巴顿 Mischa Barton 饰）曾经请他帮忙寻找失踪的SAT试卷。结果，芬克发现偷试卷者正是保罗，他也因这篇稿件一鸣惊人，不但克拉拉要给他西北大学的推荐信，弗朗切斯卡也来主动示好，两人于是开始正式交往。幸福来得措手不及，这让芬克难以招架，正当他享受热恋之时，却有事实表明——保罗是被冤枉的。当芬克发现自己成了幕后黑手的帮凶时，真正的威胁才刚刚开始……。
