13 年前
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“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。 在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。 另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决定。 四年后，经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代的伙伴蒂雅娜...。女刑警洛凝在一次远足踏青时，无意间发现了在逃通缉犯顾正良，在实施抓捕时，却不慎与其双双坠入了一个山洞中。顾正良曾经是名转业军人，在回到贫瘠的山区老家后，决心拿出自己的转业费，带领全村人走上致富之路，却不慎掉进一个诈骗集团精心布置的骗局，转业费和乡亲们筹措的一些款项被悉数骗光，顾正良于是踏上寻找骗子之路，遍寻全国大地，功夫不负有心人，终于让他找到了，可骗子们却将匕首扎进了他的腹部，顾正良出手将骗子打死，从此踏上逃亡之路。与其说他是逃亡，更准确的说，应该是他在不停的挣钱，挣够了能偿还乡亲们的钱，他就要去投案自首，恰在此时，他被洛凝给撞见了……。
