2 年前
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神盾局沦陷后，寇森在尼克·弗瑞的允许下开始重建组织、收拾残局，而除了招募新人，最重要的事情就是必须创建起与政府机构的信任桥梁。同时，寇森领队，在世界各地全力搜查“九头蛇”余党的踪迹，而昔日的伙伴如今沦为背叛者的沃德则成为了他们唯一的线索。寇森感觉自己当初复活期间所产生的“副作用”时不时会涌上心头，也发觉自己的自控能力越来越差，死命刻墙图、甚至为了查明真相而派队员去送死，屡次让神盾局陷入更大的危机。更吃惊的是，斯凯失散多年的父亲突然回归，并在身后也有一个从古到今毫无任何人见过的“异人”组成的联盟。斯凯因此再度为自己的身世产生疑问，也陷入选择家人还是伙伴的左右为难的局面。。一次意外中，少年弘濑琢磨（小清水亚美 配音）的双眼失去了光明，这为他内向的性格更增添了一层阴影。父亲将琢磨托付给乡下的叔叔代为抚养，同时也希望乡间闲散的生活能够治愈他受伤的心灵。在乡间，琢磨结识了个性活泼开朗的姐妹神乐萤（成濑未亚 配音）和神乐雏田（田中凉子 配音），这一对姐妹乐观的态度让琢磨的心扉敞开了不少，同时，班级中的田端唯（安田未央 配音）等同学也令琢磨暂时忘却了痛苦。
与此同时，那个叫做小日向早美（樱井浩美 配音）的女孩出现在了琢磨的视线中，由于家族的缘故，早美只能隐居在深山之中，接受居民们的憎恨和排斥来替家人赎罪。早美的坚强感动了琢磨，在两人的努力下，同学们也逐渐的接受了早美的存在。一切都看似往好的方向发展，直到村长说出了那个和早美有关的，足以摧毁琢磨灵魂的秘密。。
