10 年前
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故事以被称为日本三大铭酿地之一的广岛县西岛市为舞台，讲述了发现日本酒的魅力、在历史悠久的酿酒厂奋斗并遇到初恋的农大学生橘诗织的故事。
诗织梦想着能够在酿酒厂进行研修，选择了广岛县的酒窖作为自己的实习场所。在那边，她遇到了毫无动力的酒窖老板的儿子、卧病在床的酒窖老板、严格的酿酒人、以及既是米农也是酒窖家庭的美咲，开始实习的诗织却总是遇到失败。在这个时候，酒窖老板突然离世，在这个酒窖老铺迎来经营危机时她渐渐对老板的儿子萌生了恋爱感情。。位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！。
