24 年前
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警視庁捜査共助課的白戸崇正（玉木宏），擁有驚人的記憶力，可以記住3000名通緝犯的臉，借助該能力他可以在人海中搜尋犯人。有一日，他卻在人群中看到4年前已經死亡的前輩須波的臉。。。。。。。大城市姑娘白靖雯的父母反对自己与男友陈蔚然的婚事，白靖雯和母亲争吵之后，邀上闺蜜叶小青选择外出自驾旅散心，途中邂逅了农村青年李小憨。。来自异次元的种族MU占领了东京，并将城市隐藏在巨大的防护壁之后，他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。
在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。。
