23 年前
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故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。
动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。。这是一座古老而神秘的魔力学院，培育了一代又一代的元素魔法师，他们的使命就是封印邪恶的暗黑使者。然而这一代的元素魔法师中出现了一个叛徒，为了获得更加强大的力量，风之元素魔法师与暗黑使者签订了灵魂契约，将其释放了出来！为了拯救元素失衡的地球，魔法师与暗黑使者的战争拉开了帷幕……。
