22 年前
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运动细胞极为发达但成绩却惨不忍睹的星麻美（伊藤美来 配音）、年龄虽小，但个性却十分好强，每一天都过得非常努力的樋口绘里（和气杏未 配音）、成熟稳重，容易沉浸到自己的世界里去的千金大小姐早乙女静乃（小木未侑 配音）、渴望成为偶像，却常常生活在幻想中的中二少女橘紫苑（长绳麻理亚 配音）、害羞腼腆，遇事情往往会往悲观方向想象，虽然表面看来非常的普通，却意外的拥有着抚慰人心的力量的平冈优（高尾奏音 配音）。
和这些可爱的女孩子们一起，面对着种类丰富的运动项目，让我们一起把身体动起来吧。。“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。 在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。 另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决定。 四年后，经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代的伙伴蒂雅娜...。
