8 年前
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自从皮特罗吉尼的团伙在Sopox生产实验室被抓之后，他们被关到了不同的监狱。在天堂皇后监狱，皮特罗一直提醒当局一个疯子合成了神经毒气而且准备进行一场屠杀，但没有人相信他。因此他想办法转到莱比比亚监狱只为见到掌握重要线索的穆莱那。之后皮特罗想把所有由大学研究员组成的团伙重新召集在一起……。故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。
然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介 饰）出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉（川久保拓司 饰）是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。。
