23 年前
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韩国反恐局最优秀特工李正宇偶遇情报局展厅向导尹惠仁，被其深深吸引，无奈屡屡示好均被冰山美人果断拒绝，不解之余渐渐感觉到惠仁身上似乎有别样身世迫其努力与他人保持距离。
时值韩国自主研发最新核反应堆关键时刻，而这一消息对名为“雅典娜”的组织而言则如惊天霹雳，此秘密存在的组织一直掌控着全球能源市场，为保住其统治地位，不惜发动恐怖袭击甚至挑起战争。此次韩国成了他们的眼中钉，为达目的，组织动用了其核心成员，安插在美国情报局东亚分部的部长孙赫利用职务之便，不惜一切阻止韩国的研发进程，必要再掀一番血雨腥风。。自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。。
