21 年前
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昭和三年（1928年），大石久子（高峰秀子 饰）到小豆岛小学的分校执教。骑着新型自行车穿着西装的大石老师给这个贫困的村落带来了新鲜的气息，分校的12个学生也对她颇具好感。某天大石掉进孩子们挖的坑，扭伤脚腕。休养期间12个孩子走上8里路来看望老师。
大石因伤转回总校任教，适逢军国主义盛行期间，大石的怀疑态度令其遭到同事的鄙视。随着战争的进行，已经转到总校读书的12个孩子中有的加入军队。大石对军国教育的质疑不断加深，最终选择辞职，回家相夫教子。
战后大石老师回到分校，望着教室里陌生而纯真的面孔，想起当年12个孩子不同的遭遇，终于流下了眼泪……。在谜语人杀死哥谭市顶级黑帮老大之一卡迈恩·法尔科内后，哥谭地下世界十分动荡。马罗尼家族抢走了索菲娅的新产品并且告诉了她害死弟弟的人究竟是谁。索菲娅对父亲的恨、对奥兹的恨使得她向往着权力，她毒死法尔科内宅子内的所有人，成为了这个家族的领导者并且将自己和家族改姓为“吉甘特”。索菲娅和马罗尼家族合作寻找奥兹，在奥兹被抓的关键时刻，他带着穷人区的兄弟们成功反杀，却没想到索菲娅直接送来炸弹炸毁这里。索菲娅准备离开哥谭市，却被奥兹重新送回了疯人院。。所谓宝可梦，是指生活在这个星球上。
许许多多的非常不可思议的生物。
它们的身影在天空、大海、森林、街道中随处可见。
拥有不可思议吊坠的来自帕底亚的少女，莉可。
拥有迷之精灵球的来自关都的少年，罗伊。
莉可和罗伊在广阔的宝可梦世界中开始了全新冒险！
等待着他们的命运，究竟会如何呢——？！
这是一个通过冒险来“发现”重要事物的故事。
初到石英学院的少女莉可，在这里得到了她的第一只宝可梦新叶喵。在她与新叶喵逐渐熟悉的过程中，一个神秘的组织——探索者队，为了得到莉可的神秘吊坠前来追捕她。
还好莉可并不是独自一人，弗雷德、船长皮卡丘以及其他上升伏特攻击队的成员们，在他们的英勇浅葱号上向莉可提供了庇护。
而梦想成为宝可梦训练家的少年罗伊，携带着隐藏着秘密的精灵球。
当莉可、罗伊以及上升伏特攻击队向着新的地平线启航，等待他们的将会是什么？。
