18 年前
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神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。
在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。
出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。。在上一集J重新召回K作为搭档之后，时间又过去了许多年，但是外星人对地球的觊觎却一直没有停歇。而且J还了解到了K已经死了四十多年。无论未来如何发展，K都和外星人入侵地球有着千丝万缕的联系。而且这段时间，J了解到是一个叫做鲍里斯的外星罪犯在1969年干掉了当时还没有太多经验的K。而在四十多年后，这个鲍里斯就成为了地球最大的威胁。而为了阻止鲍里斯的计划，J只有穿越回1969年，去拯救年轻版的K。刻不容缓，时不我待。J的穿越时间只有24小时，否则他将被永远困在1969年。他能顺利完成计划，解救出1969年的K并挽救地球么？看来这两个好搭档又要和前两集一样，重新开始认识对方并在地球上经历一场难忘的“追凶之旅”了。。
