18 年前
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故事发生在风景秀丽民风淳朴的流川市，宇佐美奈奈子（伊藤美来 配音）是生活在那里的一名平凡的女高中生。市里新建的游泳池即将完工开门营业，奈奈子和朋友们越好到时候一起去玩。奈奈子想要一件新的泳装，无奈价格昂贵她只能向妈妈求助，然而妈妈却拒绝了奈奈子的请求，一时之间，奈奈子感到无计可施。
就在这个节骨眼上，在市政厅工作的奈奈子的叔叔太田（室园丈裕 配音）替奈奈子找了一份工作，奈奈子可以用打工赚来的钱去买泳衣了！就这样，在误打误撞之中，奈奈子竟然成为了流川市的当地偶像，并以此身份开始了一系列的宣传表演活动。。魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。。
