15 年前
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作家郑岩在住院疗养期间与医生白妹结识，两人产生了真挚的爱。但白妹的父亲海佬坚决反对郑岩这个“动笔杆子”的人。白妹毅然离开家庭，来到郑岩身边，却遭到了拒绝。可郑岩内心深处正忍受着痛苦的煎熬。后来郑岩被派到一艘遇到得救的船上，和海佬产生了友谊。海佬觉得郑岩是个正直的年轻人，决定去做那个排斥郑岩的老头子。就在白妹赶到海上，准备与他相会的时刻，郑岩为保持一个正直的作家的人格而被逮捕了。。200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。
主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。
一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。
云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程。。
