12 年前
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史无前例的强大病毒席卷整个国家。一起疑点重重的事故导致的后果是，在现场的所有人都在经历过2天的潜伏期后死亡，死亡率高达100%！为了应对这谜团重重的病毒，成立了“特殊传染病防治小组”来寻找解决之道，且调查其背后的真相。小组的成员李明贤（严基俊 饰）在调查的过程中，愈发觉得这起病毒事件远没有想象的那么简单。而这时他们又发现，当时在现场的还有名幸存者，为了防治更多的人被感染，明贤一直在追踪这名幸存者金仁哲（金显佑 饰）。于是一场猫鼠游戏开始展开，而明贤也在追踪的过程中，疑似感染上了病毒。
面对越来越恶劣的大环境，最终的真相究竟如何……。小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。
遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。。
