22 年前
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故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。
动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。。超级马拉松赛跑者、大学博士大卫·霍顿酷爱跑步，他打破了两项世界纪录。在他参加学生毕业典礼时，学生宣布了大卫即将参加环美徒步比赛的消息。知道这一消息后，他的妻子南希极力反对他去参加。和妻子一番交流之后，他仍然义无反顾地参加了比赛。妻子送他来到机场，霍顿飞往比赛地点的始发站亨廷顿海滩，开始了他为期64天的长跑。。
