20 年前
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通过不懈的努力，姜慕凡的成绩终于开始不断提升。可校园的各项活动，创造了许多让邵天扬主动地引起林洛嫣“特别”注意的机会。两个人的关系似乎也正在渐渐地产生着微妙而亲密的变化。还有职高女生，音像店老板的女儿，杜欣悦，她叛逆开放的性格，不仅对林洛嫣产生了潜移默化的影响，更对“姜木头”产生了浓厚的兴趣。而因为座位调整，姜慕凡的同桌也从一直在身旁默默守护着自己的夏雅变成了和自己无话不谈的“假小子”小畅！这一切不禁让姜慕凡陷入一片慌乱的手足无措之中。天台上曾经的约定，还能够被继续守护下去吗？姜慕凡，林洛嫣，邵天扬，杜欣悦，程逸，夏雅，大家的情感羁绊会迎来怎样的结局？大家的人生轨迹又会发生怎样的转变呢？。2048年，因核泄漏产生的核辐射感染了城市中大部分人群，为了治疗受感染的人群，赛亚公司派出特勤小队保护专家吴博士到废弃的实验室寻找疫苗。
但是谁知道疫苗研制成功的关键是要队里唯一的女队员程晓献身于曾经绑架过她亲妹妹的犯人高放。正在众人犹豫不决的时候，博士突然发现了研制疫苗的新方法，而与此同时，一大波感染人冲进了实验室。众人在队长的带领下，打退了感染人的进攻，为博士研制疫苗争取了时间。而程晓也得知高放并没有绑架她的妹妹，真正的凶手另有其人。
最终在大家的努力下，疫苗研制成功。但队长偷走了疫苗，于是，众人沿着队长留下的痕迹，追了下去。。电视动画片《异世界四重奏3》是《异世界四重奏》系列电视动画的第3期。 于2020年3月31日《异世界四重奏2》最终话完结的同时宣布续作消息。。
