19 年前
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陈薇（尹馨饰）带着女儿（林采洁饰）为躲避家暴的丈夫住进有自杀胜地之称的蝴蝶大厦后怪事频传。管理员梁伯（冯淬帆饰）和顶楼的庙公山叔（蔡振南饰）不断提醒她这一层楼不太干净，如果有能力还是尽快搬走，但是经济拮据的她暂时只能栖身于此。各种三教九流的邻居、杂货铺有阴阳眼的自闭症男孩阿弟（白润音饰），还有那间被再三交代禁止靠近的613号房，一切都令陈薇感到诡异莫名。外表阳光的代班管理员小梁（曹佑宁饰）对独立坚强的陈薇照顾有加，经常借故上门帮忙维修家电，陈薇女儿看到他来也会难得露出微笑。正值鬼门开时，蝴蝶大厦内意外频传，甚至发生许多灵异事件，但老住户们似乎已经习以为常。陈薇原本是想带女儿逃离丈夫，不料却将自己卷入更大危机之中...。2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。
2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中，NERV于SEELE的矛盾激 化，SEELE派出军队进攻NERV，在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海，只有碇真嗣和明日香留了下来。。马蒂从他生活的八十年代来到了1955年，根据好朋友艾米特·布朗博士于1885年留下的信件，马蒂找到了博士研制的时空穿梭机。本以为可以乘坐着这台机器回到未来，马蒂却意外发现了博士的墓碑，原来他在留下那封信后不久便被人杀害。为了拯救博士，马蒂乘坐时空穿梭机来到了1885年的美国西部。马蒂能否改变历史，拯救博士的生命？二人能否成功回到未来？。
