17 年前
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十七世纪的断头台前，艾格妮丝第一次见到「他」。俊俏的脸庞、不羁的气质，令她二话不说便晕了船，自此展开七生七世的疯狂追求。虽然拥有超强恋爱体质，艾格妮丝的运气却不太好，每次轮回的终点不是遭遇意外爆头身亡，就是与脑满肠肥的糟糕男人封建婚配。始终深信「他」将会在尽头等候的艾格妮丝，能否在数百年的恋爱修炼中有所长进呢？。2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。
2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中，NERV于SEELE的矛盾激 化，SEELE派出军队进攻NERV，在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海，只有碇真嗣和明日香留了下来。。送葬人苏玄从沉睡中醒来，推开了经营千年的 “往生铺” 大门。一位面容憔悴的女子来了，她父亲是陈氏集团工程师，因陈氏公子贪了工程款导致项目坍塌，父亲葬身废墟。
女子颤抖着抽签，签面浮现 “血债血偿” 四字。当日，陈氏公子贪污的证据被匿名曝光。。
