23 年前
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以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小霞（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难……
本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。。这是一对即将步入婚姻殿堂的男女朋友。型男小开“许诺言”，外形阳光，做事百无禁忌。潜水教练“安纾语”，她的理想是简简单单的婚礼，但男方亲友及自己善妒的好友等人，使得即将来临的婚礼变得一点也不简单。。川原恭一郎（舘ひろし饰）是位年近中年的公司职员，处事奉行中庸原则，属于可有可无的角色。在家里，宝贝女儿小梅（新垣结衣饰）对他的态度也是不冷不热的，恭一郎很是苦恼，却不知道如何改善两人的关系。
一次，两人乘坐的电车突然遇上了事故，两人在医院醒来后，竟然发现彼此交换了身体！
由于怎么也找不到变回去的方法，无奈的两人只好代替对方扮演起学生/职员的角色，其间麻烦无数，尴尬不断，爸爸更是与小梅暗恋的学长（加藤成亮饰）“斗智斗勇”，小梅则一改爸爸往日形象，在公司里大展身手，反倒令众人对爸爸另眼相看……最后父女俩能变回去吗？他们的关系又将变成怎样？。
